Không lâu sau, Hoàng Thái Cực chinh phục được Triều Tiên, tiếp tục cuộc Nam chinh đánh nhà Minh đang gián đoạn của mình[16] . Năm 1627, sau khi lên ngôi và chinh phục Triều Tiên, Hoàng Thái Cực đích thân dẫn quân đi chinh phạt Minh triều. Đợt tấn công lần này rất quy mô, Hoàng Thái Cực đích thân thống lĩnh đại quân. Trong chiến dịch này còn có sự tham gia của hai Đại bối lặc là Đại Thiện và Mãng Cỗ Nhĩ Thái, trong hàng ngũ tướng tá có Nhạc Thác, Sa Ha Liên, Cao Hồng Trung, Bao Thừa Tiên, … ngoài ra, còn có mưu sĩ Phạm Văn Trình.

Năm 1629, năm thứ ba sau khi lên ngôi, Hoàng Thái Cực dẫn quân đi chinh phạt Minh triều. Trước chiến dịch, về phía nội bộ quân Kim có một sự cố nhỏ, như khi đi được nửa đường, Đại Thiện và Mãng Cổ Nhĩ Thái đột nhiên yêu cầu ông lui binh vì lý do là "Đi đánh trận, đường xa vất vã là điều cấm kỵ của nhà binh". Sự tùy tiện này đã khiến cho kế hoạch đánh triều Minh có nguy cơ bị đỗ vỡ, sự dày công chuẩn bị trước đó xem như uổng phí và bỏ lỡ thời cơ Nam tiến. Ông đã phải một lần nữa tìm đến bàn bạc với Nhạc Thác và Tát Cáp Lân (là hai người con của Đại Thiện có quan hệ mật thiết và từng giúp ông lên ngôi trước đó) để trao đổi, phân tích, thông qua đó dùng đòn "khích tướng" tác động đến Đại Thiện và Mãng Cổ Nhĩ Thái khiến họ đổi chủ ý đồng ý để ông hạ lệnh tiếp tục tiến quân. Chiến dịch này sau đó đã đạt được một số mục đích nhưng rõ ràng không làm Hoàng Thái Cực cảm thấy an tâm chút nào[cần dẫn nguồn].

Sau khi thống nhất trong nội bộ, quân Kim tiếp tục tiến lên. Tháng 05.1627 (thực tế thì phải trễ hơn tháng 5), Hoàng Thái Cực dẫn quân chia làm ba hướng tiến đánh các thành Ninh Viễn, Cẩm Châu[cần dẫn nguồn]. Với lực lượng hùng hậu, quân Kim đã tấn công dữ dội các căn cứ đó. Tuy vậy, trong trận đánh này phía Viên Sùng Hoán đã chuẩn bị tốt trước đó nên đã phòng thủ một cách có hiệu quả, các thành trì vẫn vững vàng trước các đợt tấn công ào ạt của quân Kim. Thêm nữa, hỏa lực của đại pháo Hồng Di như thường lệ vẫn phát huy được uy lực, gây tổn thất rất lớn cho quân Kim. Ngoài ra, sự phối hợp chiến đấu tốt của hai cụm cứ điểm là thành Ninh Viễn và Cẩm Châu càng gây khó khăn hơn cho quân Kim. Thậm chí có thời điểm các chỉ huy quân Minh còn dẫn quân đánh trả quyết liệt, gây thiệt hại cho quân Kim.

Chiến dịch này kéo dài gần năm tháng (từ tháng 05 - 10.1627), trước sức cố thủ ngoan cường của quân Minh, Hoàng Thái Cực buộc phải hạ lệnh tạm lui quân để quan sát tình thế. Trận này, quân Minh dưới sự chỉ huy của Viên Sùng Hoán lại một lần nữa đánh cho quân Hậu Kim đại bại, giành chiến thắng ở Ninh Viễn, Cẩm Châu, Sử sách Trung Quốc gọi đây là trận chiến Ninh Viễn lần hai hay chiến dịch Ninh – Cẩm. Sau đại thắng Ninh - Cẩm, tình thế ngoài quan ải đã tốt dần lên đối với quân Minh.[cần dẫn nguồn]

Trận chiến Ninh Viễn lần này còn là một cuộc đấu tài, đấu trí giữa Hoàng Thái Cực và Viên Sùng Hoán, mọi chiến lược và đối sách, âm mưu và thủ đoạn đều được sử dụng. Khi bắt đầu chiến tranh, Hoàng Thái Cực chia quân làm ba hướng, trước tiên bao vây thành Cẩm Châu, sau đó mới tiến đánh Ninh Viễn ông dự đoán viện quân từ thành Ninh Viễn sẽ đến tiếp cứu cho Cẩm Châu nên đã phái các đoàn kỵ binh chủ lưc lợi dụng địa hình gò đồi cao và làng bản để bí mật mai phục, đón lõng quân tiếp viện.

Viên Sùng Hoán phán đoán được mục tiêu của Hoàng Thái Cực là Ninh Viễn nên kiên quyết ở lại giữ thành Ninh Viễn. Quyết định bỏ ngỏ thành Cẩm Châu đã làm phá sản phương án "vây thành diệt viện" của Hoàng Thái Cực. Tuy vậy, khi thành Cẩm Châu lâm vào tình thế nguy cấp, có thể bị công phá, Viên Sùng Hoán phải phái bộ tướng dẫn 4.000 kỵ binh đến tiếp cứu Cẩm Châu. Quả nhiên, khi quân cứu viện còn chưa xuất phát bao xa, Hoàng Thái Cực đã chia binh tấn công thành Ninh Viễn.

Viên Sùng Hoán đích thân lên thành chỉ huy tướng sĩ phòng thủ, sử dụng đại pháo tấn công quân Hậu Kim. Đội binh sĩ Hậu Kim tràn lên công thành bất chấp tên, đá và hỏa pháo của quân Minh. Quân Minh anh dũng chống cự, nhưng quân Hậu Kim hết lớp này đến lớp khác ào ạt tấn công. Vào thời điểm cấp bách, Viên Sùng Hoán hạ lệnh dùng đại pháo bắn vào quân Kim. Uy lực của Hồng Di đại pháo đã khiến cho quân Hậu Kim bị thiệt hại nặng, binh sĩ thương vong nặng nề, số còn lại buộc phải rút lui. Quân Minh tiếp viện ở ngoài thành phối hợp cùng quân trong thành truy kích quân Hậu Kim.

Hoàng Thái Cực bại trận tại thành Ninh Viễn, hết sức tức giận, liền kéo quân đến Cẩm Châu để đánh trả thù. Quân Minh ở Cẩm Châu giữ thành nghiêm mật, tinh thần và sĩ khí được nâng cao sau khi hay tin chiến thắng tại thành Ninh Viễn, ngược lại quân Kim sĩ khí giảm sút, lại có phần sợ hãi bởi hỏa lực của đại pháo nên tấn công không mấy hiệu quả. Thêm vào đó, thời tiết trở nóng, sĩ khí sa sút, Hoàng Thái Cực đành phải lui binh[cần dẫn nguồn] . Tuy Viên Sùng Hoán một lần nữa đại thắng quân Hậu Kim, nhưng Ngụy Trung Hiền cùng bè đảng của mình vì ghen ghét, ganh tỵ với ông và muốn đoạt công lao về phần mình nên đã nói xấu ông với hoàng đế, trách ông cố ý khiêu khích dẫn đến chiến tranh và lúc chiến sự nguy cấp lại bỏ mặc, không đích thân dẫn quân tiếp ứng Cẩm Châu. Vì việc này, Viên Sùng Hoán phải từ chức.